Seit dem Wintersemester 2005/​06 ist Michael Dreyer als Professor für Politische Theorie und Ideengeschichte an der Friedrich-Schiller-Universität in Jena tätig.
Er studierte Politikwissenschaft, Geschichte und Volkskunde an den Universitäten Kiel und Lexington, Kentucky. Er war Stipendiat der Deutschen Forschungsgemeinschaft und auch der Friedrich-Thyssen-Stiftung, sowie Kennedy Fellow an der Harvard University. Nach einem Lehrauftrag an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel (WS 1990/​91) arbeitete er als Wissenschaftlicher Assistent im Institut für Politikwissenschaft der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (Mai 1994–März 1995). Seit April 1995 ist Michael Dreyer an der Friedrich-Schiller-Universität Jena tätig. 2002 habilitierte er sich für Politikwissenschaft in Jena. Von 2002 bis 2006 wirkte er in den USA als DAAD-Professor an der Northwestern University in Evanston, Illinois.
Seine Forschungsschwerpunkte sind Ideengeschichte des 19. und frühen 20. Jahrhunderts (Deutschland, USA), Politisches System der USA (v.a. Supreme Court), Minderheiten und Politische Theorie, Föderalismus. Zu allen Themen liegen Veröffentlichungen vor.
Dreyer ist Mitglied in mehreren politikwissenschaftlichen Vereinigungen und seit 2009 Mitglied des Wissenschaftlichen Beirates des Weimarer Rendez-vous.